在1954年发现的闽侯昙石山文化遗址中，考古人员发掘出数千年前福建先民大量丢弃的蛤蜊壳、螺壳等贝壳，说明当时昙石山一带生长蛤蜊，而且昙石山人开始采集并食用蛤蜊。

史书里有关闽人采蛤、食蛤的记录比比皆是。宋代《仙谿志》记载有莆田渔民采拾蛤贝类的活动。《明季北略》载：“闽之莆田、福清县人善钓，每年八九月，联船入钓，动径数百，蚁结蜂聚，正月方归。”渔民们在“钓”业中，也有采拾花蛤的行为。明代进士周瑛、黄仲昭编著的《兴化府志·海物考》（清同治十年重刊）中有关于“花蛤”的记载：“蛤，似蚬而大，壳上有文如画，俗云雕蚶画蛤。”《闽中记》谓“蛤斑驳如雕镂”“误矣。又新安里海中有花蛤，似常蛤而大，味丰。北港有赤蚬，似常蛤而小，味丰，其他沙屑白蚬，斯为下矣”。

民国二十一年（1932年）陈子英编写的《福建省渔业调查表》，也十分郑重地把花蛤摆进渔业家族的一员。

20世纪70年代以来，福建花蛤育苗行业逐步兴盛，不仅有过硬的育苗技术，福建人还研发了“保利龙钢架铁壳船”“无叶片水泵”和“菲律宾蛤仔沙粒苗与浒苔分离装置”等国家级专利技术和设备，极大提升了花蛤苗养殖的病虫害防治和花蛤苗捕捞的效率。