福建省地处我国东南沿海，全省江河水系密布，“五江三溪”为淡水水产种业发展提供了得天独厚的自然条件，孕育了多样的水生生物资源。我省拥有淡水鱼类资源163种、淡水贝类资源18种、虾蟹类资源23种、可利用常见水生植物资源42种、两栖动物资源39种，虽然资源丰富，但是大部分尚未被系统开发利用。

我省紧密围绕国家政策导向，结合本省渔业发展实际，出台一系列配套政策，《福建省“十四五”渔业发展专项规划》将水产种业振兴列为重点任务。近十几年来，省淡水水产研究所聚焦地区特色淡水鱼类的保护与开发，先后围绕着马口鱼、大刺鳅、光唇鱼、斑鳜、黑脊倒刺鲃等地方特色鱼类开展了人工繁育和养殖技术开发工作，将其逐步推向市场，同时协助各保护区管理部门完成了半刺厚唇鱼、黑脊倒刺鲃、大刺鳅等物种的增殖放流工作，助力野生资源恢复。此外，依托地方龙头企业建立了大刺鳅市级原种场、光唇鱼市级及省级良种场、黑脊倒刺鲃省级良种场等，建立了规模化繁育技术体系，助力福建土著溪鱼产业高质量发展。

大刺鳅，俗称刺鳗、刀鳗、辣锥等，体形细长似鳗鲡，具有较高的营养价值和市场开发前景，它原产于福建龙岩（汀江）、广东、广西等地区，在龙岩地区素有“一鳗、二鳜、三刀鳅”的说法。目前大刺鳅人工繁育研究已突破了全人工繁育、病害综合防控、营养需求等相关技术，在世界上首次绘制了大刺鳅高精度基因组图谱，目前正在攻关全雄育种研究。

光唇鱼，常见的品种有26个。光唇鱼人工繁育已突破了全人工繁育、病害综合防控、营养需求等相关技术，绘制了光唇鱼高精度基因组图谱，开展了不同品种间的完全双列式杂交育种，获得生长性能突出的正反交2个新品系。

斑鳜，俗称黑鳜、花桂等，素有“淡水石斑鱼”之美誉。目前我省已系统开展了斑鳜繁育、病害和营养等研究，建立了全人工繁育技术体系，绘制了斑鳜T2T高精度基因图谱，应用分子辅助育种技术，选育出速生斑鳜F2代新品系1个。

黑脊倒刺鲃又名刺鲃，福建地区俗称光鱼、宽鱼、军鱼等，肉质细腻、味道鲜美、鳞片可食，长期以来深受消费者青睐，是市场化较早的土著溪鱼代表。我省已系统开展了黑脊倒刺鲃繁育、病害和营养等研究，建立了全人工繁育技术体系，绘制了T2T高精度基因图谱，并应用现代化育种技术选育出新品系1个。