2008年12月，第三次全国文物普查期间，龙岩市“古脊椎动物与古人类化石”专题队调查时发现奇和洞，并在该洞的北支洞东壁地层内发现中国犀、鹿和小哺乳类骨骼等少量晚更新世哺乳动物化石；在东南支洞尽头的堆积层上部两层钙板中发现小哺乳类碎骨及哺乳动物牙齿化石。

在调查期间，因周边及北支洞北侧地带开山采石，奇和洞面临即将被毁的境遇，根据当时调查的情况判断，奇和洞洞口大厅堆积层较厚，既宽敞又明亮，非常适合古人类繁衍生息。为此，考古队及时向龙岩市文化与出版局作了急报件，并建议立即对洞口大厅进行抢救性考古发掘。

在各级主管部门的高度重视下，由龙岩市提供10万元发掘经费，由福建博物院、龙岩市文化与出版局、漳平市博物馆联合组成的考古发掘队，正式拉开了对奇和洞遗址试掘的序幕。从2009年11月21日开始至12月17日结束，历时28天，开挖面积计32平方米。此次考古试掘初步成果喜人，除出土一批重要的遗物外，还揭露了一个认为是旧石器时代末期、一个新石器时代人类活动面遗迹，显示出了这个遗址的重要性和科学价值。

首次试掘表明，奇和洞洞口大厅的两个探方和一条探沟中至少存在四期文化遗存：年代最晚的第四期为唐宋明清时期的遗物和建筑基址；第三期为新石器时代早期文化层，底部有红烧土居住面遗迹，出土大量文化遗物和1具残破人类幼年颅骨；第二期为新石器时代初期文化层，除大量遗物外，还出土2具人类颅骨和部分肢骨；第一期为旧石器时代末向新石器时代过渡期文化层，除出土大量打制石制品、动物化石外，还揭露出3处人工石铺地面遗迹。

根据第一次发掘初步成果，足以证明奇和洞遗址是福建省境内迄今发现的最重要的史前遗址之一。随后，考古发掘队向上级主管部门提供实物资料，建议进一步扩大发掘面积，以期有更多发现。获得批准后，考古发掘队于2010年、2011年分阶段扩大发掘面积（实际发掘总面积约130平方米，从而全面了解了奇和洞文化的实质内涵。

奇和洞遗址的发现是福建省第三次全国文物普查的一项重要发现，也是近年东南沿海地区史前考古的重大突破。经学者们多年来的研究，对奇和洞遗址的学术价值和历史意义形成了以下几点认识：

根据已揭露的文化堆积层分析，遗址的时代从旧石器时代晚期一直延续到新石器初、早期（距今17000~7000年）。以往我国虽然发现过不少旧石器时代晚期和新石器时代早期遗址，但像奇和洞遗址这样具有跨越新、旧石器时代连续堆积的遗址却极少。虽然从旧石器时代到新石器时代人类文明发生重大变化已有定论，但对于从旧石器时代进入新石器时代的确切时间还存在不同见解，倘若能够找到一处遗址不仅在地层上具有连续性，而且在出土器物特征上也具有明显的传承关系，对上述问题的解决无疑能提供更加可靠的依据，奇和洞遗址恰好具备解决这一国际关注的学术课题之条件。

文化内涵极富地域特色。遗址出土的器形有釜、罐、盆、钵、盘等；口沿部位的压印条纹、锯齿纹、放射线篦纹，以及锯齿纹、戳点纹、压印条纹和放射线篦纹组合极具区域特色。第⑥层出土的打制石器与台湾长滨旧石器时代文化中的石制品在制作水平、制作风格上都具有很多的可比性。奇和洞出土的陶片纹饰与平潭壳丘头及台湾大坌坑等遗址类似，但年代上早于上述遗址，与越南的和平文化也有诸多相似之处，年代也相近。奇和洞遗址是福建地区最早的新石器时代土著文化，对探讨闽台史前文化渊源关系及南岛语族的起源与扩散等课题极具重要意义。

奇和洞揭露的旧石器时代人工石铺活动面、新石器时代早期房址，表明早在距今1万多年前，人类已经开始在奇和洞定居，并从事采集和狩猎活动，留下大量烧石、烧土、烧骨、灰烬等遗存。对于研究当时人类开发和利用自然资源能力、末次冰期以来福建乃至华南地区的生态环境变迁过程等都具有重要的学术价值。

遗址出土的3具古人类的颅骨和部分肢骨及牙齿，分别出自不同层位，代表了生活在奇和洞内不同时期的居民。这将为探讨由旧石器时代到新石器时代转变过程中人类体质特征、南北方人种差异等问题提供新的资料和证据。

2020年5月，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队创新开发利用古DNA技术，从遗传学角度深入探索奇和洞人和亮岛人密切关系，确认8400年前的奇和洞人与台湾岛的阿美和泰雅人群具有最强的遗传联系，论证现今主要生活在中国台湾岛及太平洋岛屿等地的南岛语系人群，他们的祖先是福建及毗邻地区距今8400年的古南方人群，这对分析海峡两岸古人群的迁徙和文化交流具有重要意义。

总之，奇和洞遗址的发掘，不仅填补了福建乃至中国东南区域史前文化新、旧石器时代过渡阶段的空白，而且对探讨旧石器时代向新石器时代过渡期间人类生存技术发展与生计模式的转变，对研究远古人群在该地区的体质演化和生存状态，对分析海峡两岸古人群的迁徙和文化交流，对探索农业起源、陶器起源和早期燃煤历史等都具有十分重要的学术价值。它为福建、中国、东南亚乃至世界范围的考古研究提供了不可多得的科学文化资源。因而其研究潜力巨大，是珍贵的历史文化遗产。

经过多年的努力，奇和洞遗址的保护利用事业蒸蒸日上。2012年奇和洞遗址被评为“2011年全国十大考古新发现”之一；2013年被国务院批准为第七批全国重点文物保护单位；2015年成功举办奇和洞遗址国际学术研讨会，对奇和洞史前遗址及其相关文化遗存、闽台史前文化渊源及南岛语族起源与扩散关系等学术问题进行研讨；2018年入列第一批省级考古遗址公园立项名单；2021年12月1日，《龙岩市奇和洞遗址保护条例》正式施行；2021年12月14日圆满举办第十届海峡两岸文化遗产保护论坛，共同探讨南岛语族的迁徙发展历程以及两岸文化遗产保护事业等学术问题；2022年5月20日，省政府同意公布《福建漳平奇和洞遗址保护规划》。2022年3月10日，国务院台办批复同意在奇和洞遗址设立“海峡两岸南岛语族考古教学实习基地工作站”。